ハードウェアを安全に取り外してメディアを取り出す、に内蔵ドライブが表示される件
昔から疑問に思っていたが、OS（Windows7など）標準のAHCIドライバを使うとプラグアンドプレイに対応していて表示されるようになるようだ。Intelが提供しているAHCIドライバを使えば表示されないとのこと。
今までホットスワップを使いたい時はHot Swap!ってソフト使っていたが、標準でできるならこれでもいいかも。ただ、USBメモリを取り外す時に間違ってドライブを外してしまうミスが起きるかもしれないので、やっぱり専用ソフトで管理したほうがいいかも。
参考ページ
